Поездка в Лондон из-за задания министра обороны Японии оборачивается для Рю Хаябусы встречей с множеством террористов. Настроены они враждебно, поэтому то, насколько успешно он сможет сражаться, будет зависеть только от игрока, который скачает Ninja Gaiden 3 с торрента.Эта версия – первая возможность увидеть мир глазами главного героя и понять, зачем он сражается и убивает. Неизвестный для зрителя человек в маске изменит Рю с помощью загадочной силы, поэтому пределы между добром и злом окажутся стёртыми. Теперь он истинный убийца. На протяжение всего игрового процесса разработчики будут открывать его секреты, которые смогут поразить пользователей.Особенное внимание здесь уделено реалистичности в боях. Для разработчиков было очень важно, чтобы игрок прочувствовал, что приносит его удар – меч проходит через кожу и ткани, рассекает кости. Враги, получившие ранения, но ещё живые, кричат, пытаются отползти в сторону, пока им не приходит конец. Сочетание крови, впечатляющих приёмов и спецэффектов, и постоянной смены противников делают игру действительно интересной и захватывающей.