Действие мультсериала происходит в городке с названием Бикини Боттом, который находится на дне моря. Все начинается с того, что Губка Боб, пытающийся доказать свою самостоятельность родителям, устраивается на работу в «Красти Краб», местный ресторан, поразив Мистера Крабса и спасши владельца заведения и осьминога Сквидварда от злых анчоусов. Много экранного времени посвящено дружбе Губки Боба с морской звездой Патриком. Его товарищ так же, как и главный герой, не отличается сообразительностью, но очень жизнерадостный. Они оба интересуются жизнью супергероев Морского Супермена и Очкарика, которые страдают от старческого маразма. Иногда между Патриком и Губкой Бобом возникают конфликты, обусловленные недопониманием.
Главный герой знакомится с белкой по имени Сэнди Чикс, которая не может дышать в воде, поэтому всегда носит скафандр, находясь вне дома. Вместе с нею и Патриком они замечательно проводят время, донимая постоянно подавленного Сквидварда и попадая в передряги с другими жителями города. Главным антагонистом сериала является Планктон, пытающийся украсть формулу крабсбургера, хранящуюся в тайне и доступную лишь работникам «Красти Краб». Он постоянно терпит неудачи, даже когда пытается воспользоваться наивностью Губки Боба, а его собственный бизнес, ресторан «Чам Бакет», неуспешен. К тому же, у Планктона есть проблемы во взаимоотношениях с женой-компьютером.