База Куантико, расположенная в американском штате Вирджиния, является основным пунктом стажировки новобранцев, желающих стать специальными агентами ФБР. Ее возглавляет Миранда Шоу – первая из женщин, которой удалось занять высшую должностную ступень в Агентстве. Бывший партнер Миранды Лиам О`Коннор помогает ей с отбором лучших новичков и принимает шестерых абсолютно непохожих друг на друга молодых людей в подготовительный проект. Юные стажеры талантливы и одновременно уязвимы, ведь каждый скрывает свои самые тяжелые трагедии и прячет скелеты по шкафам. В первом сезоне «Базы Куантико» воспоминания одной из выпускниц Академии Алекс Пэрриш описывают время прохождения ею и другими молодыми спецагентами стажировки на военной базе. Одаренная красавица стремится разгадать тайну, связанную с жизнью и трагической гибелью своего отца. Но полиция производит арест Алекс. Ее подозревают в измене и причастности к организации крупнейшего за всю историю Соединенных Штатов террористического акта, произошедшего 11 сентября в Нью-Йорке.