Сериал рассказывает о жизненных и рабочих моментах агентов ФБР Малдера и Скалли. Первый – сильно верит в существование разумной инопланетной жизни и во все сверхъестественное, а так же в то, что все это действительно уже давно на Земле. Благодаря своим убеждениям, коллеги дали ему прозвище «Призрак», а начальство отправило его в самый «тихий» отдел X-Files, который специализируется на необычных делах, касающихся внеземной жизни. Фокс Малдер не просто так уверен в том, что инопланетяне действительно существуют. Дело в том, что много лет назад, он стал свидетелем того, как его сестра Саманта была похищена НЛО. После этого случая его жизнь принимает новые обороты и сказывается на его карьере. В течении всего сериала Малдер пытается найти истину, которую, по его мнению правительство может скрывать, но, так же ему нужно сохранять объективность, что он и делает. На помощь ему в этом непростом деле приходит его напарница, спецагент Скалли. По образованию она врач и скорее всего, именно поэтому – скептик. Зачастую она пытается найти научное объяснение всему происходящему, подходит к каждому делу с логической точки зрения. Учитывая, что Скалли является противоположностью Малдера в подходе к делам, она не всегда может найти разумное объяснение и поэтому на протяжении всего действия ее мнение меняется. Помимо расследованиям между персонажами наступают дружеские отношения, которые впоследствии перерастают в нечто большее. Большая часть сюжета сконцентрирована на том, что герои пытаются раскрыть правительственный заговор. Тайное сообщество Синдикат (Консорциум) относится к Правительству Соединенных Штатов Америки. Известно, что они могут скрывать установленную связь с инопланетянами. Это сообщество на протяжении всего сериала будут основными врагами главных героев. Наиболее активным членом Консорциума является Курильщик, безжалостный убийца и властный политик представляет собой главного антагониста сериала. Самым ярым членом Синдиката является некий «Курильщик». Он имеет огромную власть и безжалостно убивает всех на своем пути. Собственно он и является главным врагом Малдера и Скалли.