Что скрывает вселенная? Какие загадки хранит космос? Доктор Дэниел Джеймс, погрузился с головой в решение этих вопросов. Исследуя древние врата по периметру, он обнаруживает местоположение города первородных, Атлантиду. Судя по исследованиям, город находится в галактике «Пегас». Ученая Элизабет Вейр возглавляет основанную ею международную экспедицию – команду экспертов и военных. Их миссия – возродить город. Команда находит город, но он весь затоплен. Вернуться на Землю учёные уже не могут, так как для путешествий между галактиками необходим мощный заряд энергии. Столько, сколько может предоставить только МНТ. На Земле есть такой источник энергии. Чтобы вернуться на Землю нужна будет подзарядка энергии. И если в Атлантиде не окажется такого же источника энергии, то это будет их последнее путешествие. Исследователям Атлантиды необходимо найти новое жильё. Спустя некоторое время отряд нашёл деревню Атозианцев. На деревню нападают Рейферы. Большую часть обитателей деревни забирают на корабли-ульи. В их числе оказывается и полковник Самнер. Остальных жителей деревни и членов экспедиции майор Шеппард переправляет в Атлантиду. Эта операция спровоцировала перегрузку щита. В результате этого команде удаётся поднять древний город из-под воды. Город начинает возрождаться. Постепенно налаживается жизнь. Кажется, всё идёт отлично, но не тут-то было. В городе появился шпион. Жители Атлантиды подозревают, что это засланный Атозианец. В городе происходят странные вещи. К городу приближается необыкновенная буря. Жители Атлантиды вынуждены эвакуироваться из города. МакКей, Вейр и Шеппард подозревают Дженаев в коварных планах и решают остаться, чтобы оборонять город. Дженаи воспользовавшись ситуацией, захватывают опустевший город. МакКей и Вейр попали в плен к предводителю Колы. Буря на Атлантиде ненадолго стихает. Беккет, Тейла и Форд планируют возвращение в древний город. Узнав что МакКей и Вейр попали в плен прорабатывают план их спасения и освобождения города от Джинаев. Но помимо всего существует ещё одна угроза – Рейфы. Смогут ли земляне победить Рейфов и остановить смертельную угрозу для всех живых существ?