В продолжении всемирно известной звёздной истории в центре фантастических приключений оказывается компания бойцов-клонов под названием «Отряд 99». Харизматичные ребята обладают особенностью, генетической мутацией, наделяющей спецназовцев необычными способностями. Новый эпизод звёздной саги начинается с баталий между Республикой и сепаратистскими отрядами. Смышлёный клон Коди вместе с капитаном Рексом, анализируя сложившуюся ситуацию, приходят к неутешительным выводам: вражеские дроиды мастерски идут на два шага вперёд! Противники запросто могут предсказать следующий шаг бравых клонов. Рекс не видит другого выхода, как внедриться в логово врага. Но сторонники капитана подозревают, что за желанием спасти Республику кроется некий тайный смысл, хоть сам герой это отрицает.