Сюжет второго сезона продолжит историю о трех детях-сиротах – изобретательнице Вайолетт, книголюбе Клаусе и их младшей сестренке Солнышке, - которые остались без крыши над головой. По решению суда сирот отдали их якобы ближайшему родственнику – «графу» Олафу. На самом деле Олаф – хитрый мошенник, желающий всеми способами завладеть огромным состоянием, доставшимся Бодлерам-младшим от их родителей. Мнимый граф ужасно обращается с детьми: ему, по сути, плевать на них. Однако когда Олаф узнает, что после их гибели, которую «родственник» всеми силами пытается приблизить, он не получит ни копейки, планы злодея резко меняются...
До поворотного момента все семейство вместе с родителями жило счастливо и дружно. Однажды все изменилось, когда на пожаре погибли родители. Неожиданно Солнышко, Вайолет и Клаус оказались наследниками солидного состояния. Попечительский совет назначил в качестве опекуна дальнего родственника дядюшку Олафа. Все вокруг были восхищены смелостью этого добропорядочного гражданина, не думая, что его решение может быть продиктовано корыстными планами.