Корпорация «Загадка», в которую входит забавный пес Скуби-Ду и его незаменимые друзья Дафна, Велма, Фред и Шегги получают сообщение от мэра Кристальной Бухты. Он просит о незамедлительной помощи. В городе объявился страшный Клоун, который крадет людей. В опасности оказываются все жители Бухты. Знаменитые сыщики садятся в свой фургончик и отправляются спасать город. Когда они оказались в Кристальной Бухте, им все показалось обычным. Все кругом было очень красиво, располагало к прекрасному отдыху. Но вдруг они замечают несколько странных людей. Приблизившись, они увидели призраков. Чтобы справиться с Клоуном, команде приходится лететь в далекую Россию. Там они смогут достать недостающие части магического диска, который способен выловить преступника. Временный руководитель корпорации Мистер И, который занял место пропавшего прежнего руководителя, не помогает команде. Они попадают в неприятности, встречаются с Бабой Ягой, и операция проваливается.