Содружество Систем во время тысячелетнего правления поддерживало баланс сил, сохраняя мир и порядок, законность и равноправие. Однако раса ницшеанцев считала себя сверхсозданиями, поэтому отказывалась соблюдать единые правила для всех Систем космической Вселенной. Много лет они готовили заговор, который в 9784 году со дня создания Содружества перерос в народное восстание. Ницшеанцы готовились захватить управление, создать свою империю и жить по своим законам, подчинив остальные народы. Война завязалась жестокая и кровопролитная. Победа ницшеанцев могла коренным образом изменить существующий порядок.
Для поддержки сил Содружества направляют космический корабль «Созвездие Андромеды». Капитан Дилан Хант, опытный командир, прибыв на место, не успевает оказать помощь. Его самый мощный с огромными военными возможностями корабль попадает в ловушку ницшеанцев. Хант приказывает всему экипажу эвакуироваться, а сам остался на корабле. Вражеские силы тоже не смогли воспользоваться космическим судном, так как он застрял во временном аномальном пространстве Черной дыры в системе Гефест.