Начало действий в сериале берет начало в 2371 году. Важнейший новый звездолет Звёздного флота Объединённой Федерации Планет под названием «USS Вояджер (NCC-74656) отправляется на свою первую миссию: отыскать корабль опасных террористов под названием «Маки». Затерянное судно скрылось в неизведанном районе космической площади, называемой Пустошью. По неизвестным и непонятным стечениям обстоятельств и «Вояджер», и «Маки» во время перемещения по Пустоши попадают в пространственную аномалию. Позже выясняется, что ее создателем является интергалктическое существо – Опекун. Из-за аномалии корабли попадают в дельта-квадрант, что находится за 70 тысяч световых лет на расстоянии Земли. Дорога домой в условиях космоса займет не один десяток лет. После происшествия несколько членов экипажа обеих суден пропадают, что заставляет бывших оппонентов воссоединить силы и действовать вместе в поисках своих товарищей. На каждом углу их поджидают опасности. Первыми противниками становятся галактические рейнджеры – кейзоны. В ходе борьбы корабль «Маки» разрушается, а весь экипаж переходит на борт теперешних союзников. Они создают одну общую команду и на протяжении сериала пытаются отыскать путь домой. На борту все довольно спокойно воспринимают тот факт, что домой лететь придется около 50-70 лет. В новой команде оказывается предатель, сбежавший, и передавший Кейзонам сведения об изобретениях на корабле. На протяжении всего сериала на них нападают разные захватчики, что мешает скорейшему возвращению домой. На борт отбывают и прибывают новые члены команды, но не все в своем уме. Что-то меняет их человеческий облик, и экипаж вместе с капитаном борется за восстановление их облика. Дельта-квадрант дает приобретения и потери для «Вояджера» в поисках знаков с Земли. Путь окажется не простым, а сколько придется потратить лет на возвращение домой неизвестно никому.